Das GRACE-FO Mission Operations System (MOS) und Ground Data System (GDS) wurden zunächst für die nominelle Missionsdauer von fünf Jahren ab dem Start vom GFZ finanziert. Das GFZ hat sich zwischenzeitlich bereit erklärt, den Missionsbetrieb auch danach zu finanzieren. Aktuell laufen Vertragsverhandlungen für eine Fortsetzung bis Ende 2029. Der Missionsbetrieb wird im Unterauftrag vom German Space Operation Center (GSOC) des DLR (Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt) in Oberpfaffenhofen durchgeführt. Das GFZ stellt den Operations Mission Manager (OMM), validierte Flugprozeduren sowie seine Satellitenempfangsstation in Ny-Ålesund/Spitzbergen bei. Ein grober Überblick ist dem nachfolgenden Bild  zu entnehmen. Weitere Informationen zu den einzelnen Komponenten und Phasen des Missionsbetriebs finden sich auf den englischen Seiten.